总分公司实际经营中经常会出现合同、发票、业务、资金“四流不一致”的情况，比如常见的：总公司签合同分公司干活、分公司签合同总公司收款、分公司签合同总公司开发票等等，“只有你想不到的，没有实际不发生的”。想要理清楚这个问题，我们要分一般情况和特殊情况分别去讨论。
一、一般情况
(一)分公司可以作为独立主体签订合同
先看看相关法律条文的规定：
从上述所列的规定中我们可以看到分支机构是需要依法登记有自己的营业执照，可以作为民事诉讼当事人，可以以自己的名义从事民事活动，也可以自有财产先自行承担民事责任，不足以承担的，由其法人承担。所以分公司是可以作为独立主体去签订合同。
(二)总分公司要“四流一致”
总分公司业务、合同、发票、资金流是否可以不一致呢?我们先看看《发票管理办法》中的相关规定：
第二十条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票。
第二十二条相关规定，所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，应当向收款方取得发票。不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
根据上述规定以及结合总分公司依增值税“属地”原则独立纳税的特点，分公司在发生商业行为时，不论是发生销售行为还是采购行为，分公司都应该是独立的合同签定方、发票开具(接受)方、资金收(付)方、业务提供(接受)方，“四流”保持一致。
(三)“四流不一致”的风险及应对
根据国家文件精神企业经营业务保持“四流一致”是很完美，但是实务执行中就不见得每家企业都能够执行得下去。“四流不一致”的情况在实务中比比皆是，本文就实务中比较常见三种情形做以分析，其他情况可借鉴本文建议变通处理。
1、总公司签订合同、开具发票，总公司收款，分公司干活。
此种情形中，如果由总公司签合同、开发票、收款，却由分公司实际提供销售服务，且总分公司之间又没有做任何内部结算。那么就会存在两个涉税风险点：一、实际业务主体和实际开票、收款主体不一致，会引起税务部门稽查，存在被税务局认定为有虚开发票风险，开具的发票会被税务部门认定成不合规票据，不能在企业所得税税前扣除、增值税进项也不能抵扣;二、因为总分公司在增值税上一般都是独立的纳税主体(汇总申报除外)，如果分公司实际提供了销售服务，发生了纳税义务，但是没有开具增值税发票，没有去单独申报缴纳增值税，存在会被分公司所属税务机关追缴税金补开增值税发票的风险。
实务中如果企业存在此类行为，应对策略有二：一、及时制止此类行为再发生，按照国家文件规定去执行，尽量做到“四流一致”;二、对于已经发生的此类行为，可以在总分公司(即企业内部)之间增加一个结算环节，视同总公司承包的业务，分包给分公司，总公司和分公司签订一个业务合同，由分公司给总公司提供销售服务并且开具发票。
2、分公司签合同，分公司开票，总公司干活，总公司收款。
此种情形中，如果由分公司签定合同、开具发票，却由总公司提供销售服务、收取款项，且总分公司之间又没有做任何内部结算。这种做法和第一种情形类似，实际提供销售服务和实际收款开发票的主体不一致，同样也存在上文中提到的两点风险，应对策略参考前文建议，需补充完善内部结算环节。
3、总公司签合同，总公司收款，分公司干活，分公司开票。
此种情形中，分公司干活，分公司开票，却由总公司签合同，总公司收款，这种情形相较前面的两种情况，实际提供服务和开具发票的主体一致，只是收款和签订合同的主体不一致，从涉税风险角度看会存在资金流向和发票开具不一致，会引起电子税务局风险警示以及被税务部门稽查是否存在虚开发票的风险。
实务中如果企业存在此类行为，应对策略有二：一、及时制止此类行为再发生，按照国家文件规定去执行，尽量做到“四流一致”;二、对于已经发生的此类行为，总分公司之间可以签订一个分公司委托总公司收款的三方协议，最终收到钱以后总分公司之间做内部核销处理。
二、特殊情况
(一)增值税汇总纳税
增值税汇总纳税是对于一些国家规定的特殊行业、或者符合政策要求的一些连锁型企业适用的一种特殊的由总机构统一汇总申报增值税的征收方式。目前大部分地区都是由总机构统一领购并开具发票，部分地区分支机构可以自行使用总机构领取的增值税发票，但是不论哪一种情况增值税申报都是由总机构统一汇总申报，所以在对外的商业行为中，增值税汇总纳税的总分机构可以存在合同流、资金流、业务流、发票流不一致的情形。(有关增值税汇总申报内容可以参见笔者文章：总分机构增值税汇总纳税是怎么回事)
(二)建筑公司内部授权其分公司
对于符合条件的建筑公司内部授权其分公司为发包方提供建筑服务存在四流不一致属于合法合规范畴。以下对相关内容作以解释：
根据国家税务总局公告2017年第11号规定：建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人(以下称“第三方”)为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，与发包方签订建筑合同的建筑企业不缴纳增值税。发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。
可见，对于内部授权分公司直接开票的，只需要满足以下条件：
一是建筑企业与发包方签署的建筑合同。
二是由内部授权或三方协议的方式，授权集团内其他纳税人为发包方提供的建筑服务(而不是其他)，对于“集团内其他纳税人”的理解，可以是子公司，也可以是分公司，但实务中授权子公司情况比较少见，更多的是出于共用资质的需要，授权分公司提供建筑服务更加常见和合理。
三是由第三方直接与发包方结算工程款。
四是第三方可以向发包方开具增值税发票，发包方可以抵扣增值税款。
写在最后：总分公司对外经营业务，一般情况下应当保持合同流、业务流、资金流、发票流“四流一致”，对于特殊情况可结合实际情形适当处理。
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