主要有以下七个财务问题需要企业提前关注并解决。
一、会计政策适用问题
新三板IPO企业在适用会计政策方面常见问题主要体现在：一方面是错误和不当适用，譬如收入确认方法模糊;资产减值准备计提不合规;长短期投资收益确认方法不合规;在建工程结转固定资产时点滞后;借款费用资本化;无形资产长期待摊费用年限;合并会计报表中特殊事项处理不当等。另一方面是适用会计政策没有保持一贯性，譬如随意变更会计估计;随意变更固定资产折旧年限;随意变更坏账准备计提比例;随意变更收入确认方法;随意变更存货成本结转方法等等。对于第一类问题务必纠正和调整，第二类问题则要注重选择和坚持。
二、会计基础重视问题
运行规范，是企业挂牌新三板的一项基本要求，当然也包括财务规范。新三板IPO企业，特别是民营企业，在会计基础方面存在两个方面的问题，一方面是有“规”不依，记录、凭证、报表的处理不够规范，甚至错误，内容上无法衔接或不够全面;另一方面是“内外”不一，由于存在融资、税务等多方面需求，普遍存在几套帐情况。这不仅让企业的运行质量和外在形象大打折扣，还势必影响好企业挂牌，当然更会影响企业今后的IPO。建议严格执行相关会计准则，充分认识到规范不是成本，而是收益，养成将所有经济业务事项纳入统一的一套报账体系内的意识和习惯。
三、内部控制提升问题
企业内部控制是主办券商尽职调查和内核时关注的重点，也是证券业协会等主管备案审查的机构评价的核心。从内部控制的范围来看，包括融资控制、投资控制、费用控制、盈利控制、资金控制、分配控制、风险控制等;从内部控制的途径来看，包括公司治理机制、职责授权控制、预算控制制度、业务程序控制、道德风险控制、不相容职务分离控制等。一般来说新三板上市条件，内部控制的类型分为约束型控制(或集权型控制)和激励型控制(或分权型控制)。通常情况下，中小型企业以前者为主，规模型企业可采取后者。另外，内部控制不仅要有制度，而且要有执行和监督，并且有记录和反馈，否则仍然会流于形式，影响挂牌。
四、企业盈利规划问题
虽然新三板挂牌条件中并无明确的财务指标要求，对企业是否盈利也无硬性规定，但对于企业进入资本市场的客观需要来说，企业盈利的持续性、合理性和成长性都显得至关重要。因此，要对企业盈利提前规划，并从政策适用、市场配套、费用分配、成本核算各方面提供系统保障。盈利规划主要包含盈利规模、盈利能力、盈利增长速度三个方面，必须考虑与资产负债、资金周转等各项财务比率和指标形成联动和统一。从真正有利于企业发展和挂牌备案的角度来看，盈利规划切忌人为“包装”，而是要注重其内在合理性和后续发展潜力的保持。
五、资本负债结构问题
资本负债的结构主要涉及的问题有：权益资本与债务资本构成;股权结构的集中与分散;负债比例控制与期限的选择;负债风险与负债收益的控制等。以最为典型的资产负债率为例，过高将被视为企业偿债能力低、抗风险能力弱，很难满足挂牌条件，但过低也不一定能顺利通过挂牌审核，因为审批部门可能会认为企业融资需求不大，挂牌的必要性不足。因此，适度负债有利于约束代理人道德风险和减少代理成本，债权人可对当前企业所有者保持适度控制权，也更有利于企业挂牌或IPO融资。因此，基于这样的考虑新三板上市条件，对企业的资产、负债在挂牌前进行合理重组就显得格外重要。
六、税收方案筹划问题
税收问题是困扰新三板IPO企业的一个大问题。对于大多数中小企业来说，多采取采用内外账方式，利润并未完全显现，挂牌前则需要面对税务处罚和调账的影响。主要涉及的有土地增值税、固定资产购置税、营业收入增值税、企业所得税、股东个人所得税等项目。如果能够通过税务处罚和调帐的处理解决，还算未构成实质性障碍，更多的情况是，一方面因为修补历史的处理导致税收成本增加，另一方面却因为调整幅度过大被认定为企业内控不力、持续盈利无保障、公司经营缺诚信等，可谓“得不偿失”。因此，税收规划一定要提前考虑，并且要与盈利规划避免结合起来。另外，在筹划中还要考虑地方性税收政策和政府补贴对企业赢利能力的影响问题。
七、关联交易处理问题
关联交易的正面影响反映在可提高企业竞争力和降低交易成本，负面影响在于内幕交易、利润转移、税负回避、市场垄断等。因此，无论是IPO还是新三板挂牌，对于关联交易的审查都非常严格。从理想状况讲，有条件的企业最好能够完全避免关联交易的发生或尽量减少发生，但是，绝对的避免关联交易背后可能是经营受阻、成本增加、竞争力下降。因此，要辩证的看待关联交易，特别要处理好三个方面的问题，一是清楚认识关联交易的性质和范围;二是尽可能减少不重要的关联交易，拒绝不必要和不正常的关联交易;三是对关联交易的决策程序和财务处理务必要做到合法、规范、严格。
“新三板”市场原指中关村科技园区非上市股份有限公司进入代办股份系统进行转让试点，因为挂牌企业均为 高科技企业而不同于原转让系统内的退市企业及原STAQ、NET系统挂牌公司，故形象地称为“新三板”。
新三板的意义主要是针对公司的，会给该企业，公司带来很大的好处。目前，新三板不再局限于中关村科技园区非上市股份有限公司，也不局限于天津滨海、武汉东湖以及上海张江等试点地的非上市股份有限公司，而是获得国务院批准全国性的非上市股份有限公司股权交易平台，主要针对的是中小微型企业。
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