1、不能以政府审计结论为工程结算依据的三个法律依据
法律依据一：《住房和城乡建设部办公厅关于加强新冠肺炎疫情防控有序推动企业开复工工作的通知》（建办市〔2020〕5号）第二条第（七）项和《关于印发房屋市政工程复工复产指南的通知》（建办质〔2020〕8号）第7.4明确规定：政府和国有投资工程不得以审计机关的审计结论作为工程结算依据，建设单位不得以未完成决算审计为由，拒绝或拖延办理工程结算和工程款支付。
法律依据二：《保障中小企业款项支付条例》（中华人民共和国国务院令第728号）第11条规定：“机关、事业单位和国有大型企业不得强制要求以审计机关的审计结果作为结算依据，但合同另有约定或者法律、行政法规另有规定的除外。
法律依据三：全国人大常委会法工委于2017年作出《全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会关于对地方性法规中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据有关规定提出的审查建议的复函》（法工备函〔2017〕22号），该复函认为：“地方性法规中直接以审计结果作为竣工结算依据和应当在招标文件中载明或者在合同中约定以审计结果作为竣工结算依据的规定，限制了民事权利，超越了地方立法权限，应当予以纠正。”
法律依据四：《关于纠正处理地方政府规章中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据的有关规定的函》（国法秘备函〔2017〕447号）要求全国有关省区市纠正处理在地方政府规章中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据的有关条款。
2、不能以政府审计结论为工程结算依据的法律分析
第一、政府审计与工程结算所关注的内容不一致，两者无必然联系
《政府投资项目审计规定》第6条的规定，审计机关对政府投资项目重点审计的内容有：履行基本建设程序情况、投资控制和资金管理使用情况、项目建设管理情况、有关政策措施执行和规划实施情况、工程质量情况、设备物资和材料采购情况、土地利用和征地拆迁情况、环境保护情况、工程造价情况、投资绩效情况等等。可见，政府审计是一种行政监督行为，主要目的是对财政投资规模、资金使用情况、有无截流国家资金、有无任意扩大投资、是否存在腐败浪费问题等行为进行审查监督，并作出合规性审查意见。
工程结算是指发包人与承包人就工程建设项目的工程造价、其他应付款（含保证金、索赔款、奖励款等）及相应的已付款、应扣款，还有质保金、付款计划等各方面内容进行协商，据以确定最终欠付金额及后续履行安排的过程。工程结算最主要关注点为工程造价的最终确认，系平等民事主体之间的双方民事法律行为。
因此，政府投资工程中的政府审计与工程结算所关注的内容并不一致，两者并无必然联系。
第二、在“招标文件或合同中以审计结论为工程结算依据”的地方性法规已经被废止
有些地方通过制定地方性法规，明确规定在招标文件或合同中须以审计结论作为工程结算价款的依据。由此使得大量政府投资项目的发包人以等候政府审计结果为由拖延支付工程款、材料款，严重损害了承包人以及下游供应商和劳务企业的权益。
法工备函〔2017〕22号否定了地方性法规中有关“以政府审计为准”规定的合法性，即在合同没有约定“以政府审计为准”条款的情况下，发包人和法院不应根据地方性法规中的相关规定要求以政府审计作为工程结算的依据。
《关于纠正处理地方政府规章中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据的有关规定的函》（国法秘备函〔2017〕447号）要求全国有关省区市纠正处理在地方政府规章中以审计结果作为政府投资建设项目竣工结算依据的有关条款。
根据法工备函〔2017〕22号和国法秘备函〔2017〕447号的规定，政府投资项目不可以以政府审计结论作为工程结算的法律依据。因此，如果在建设工程施工合同中未约定：建筑工程以政府审计结论作为工程结算的依据，则建设工程款的结算不能以政府审计结论作为工程结算的法律依据。
第三、如果建设工程施工合同中约定了：以政府审计结论作为工程结算的依据，则工程结算必须以政府审计结论作为工程结算的依据
建设工程合同的工程竣工结算依据应以当事人约定为准，在政府投资工程项目中当事人如未明确约定以审计结论作为结算依据时，审计部门对建设工程所作审计结论不能作为工程的结算依据。反之，则工程结算必须以政府审计结论作为工程结算的法律依据。
分析结论
通过以上法律分析，得出以下两点结论：
第一、建筑施工企业与政府投资项目的发包方签订的建筑施工合同中的“工程结算条款”中，绝对不可以约定：工程结算以政府审计结论作为工程结算的法律依据。
第二、如果建筑施工企业与政府投资项目的发包方在谈判过程中处于劣势，在施工合同中已经约定：工程结算以政府审计结论作为工程结算的法律依据，则工程结算必须遵循以政府审计结论为法律依据。
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